Видимо при запуске сервер имел старый bootstrapper, а при включении лаунчера у тебя он перекачался. Во всяком случае это моя догадка.
Итого возможных решений 2:
1) Нужно с новым бутстраппером скомпилировать серверную часть, перезалить их в папке с модом и всё должно заработать. Найти новый бутстраппер можно в server-files/dotnet/runtime/Bootstrapper.dll
2) Просто найди тот же бутстраппер из первого включения, когда всё работало (откуда ты его достал - скачал или еще что), и попробуй заменить его в той же папке, что я написал выше. Одно НО, если это сработает - тебе после каждого перезапуска лаунчера рейджа придётся его туда запихивать, так как рейдж будет его обновлять всё время при запуске лаунчера, поэтому первый вариант куда логичнее и правильнее (зачем использовать старый бут).
UPD:
Mirnes'у помог, его проблема решена через ЛС.